Die Burg Stickhausen hat in ihrer mehr als 500 Jahre langen Geschichte viele Funktionen erfüllt. Festung, Verwaltungssitz, Privathaus und zur Zeit Museum im Aufbau.
Die Hanse unter der Führung der Hamburger lässt zum Schutz ihrer Herrschaft über Ostfriesland in Leerort eine Festung bauen, in Stickhausen wird ein befestigter Platz eingerichtet.
Wegen der hohen Besatzungskosten und der ständigen Unruhen ziehen die Hamburger aus Ostfriesland ab. Sie verpfänden ihre Ansprüche an die mit ihnen verbündete Häuptlingsfamilie Cirksena.
Graf Edzard I. lässt in Stickhausen den heute noch erhaltenen Wehrturm bauen. Die Schlüsselburg, die 500 m weiter östlich liegt und in schlechtem Zustand ist, wird aufgegeben.
Ostfriesland wird evangelisch. Die Burg Stickhausen wird in Grenzkriegen mehrfach von verschiedenen Heeren unter Führung der Oldenburger Grafen angegriffen und erobert. Die Cirksenas machen die Burg zum Sitz des Amtes Stickhausen und bauen sie weiter aus.
Im Dreißigjährigen Krieg besetzen erst Söldner des Feldherrn Ernst von Mansfeld, danach Truppen des Feldherrn Johann von Tilly und schließlich hessische Truppen die Burg und bauen sie aus. Nach dem Ende des Dreißigjährigen Kriegs 1648 erreicht die Burg ihre größte Ausbaustufe, 600 Soldaten sind hier stationiert.
Als Carl Edzard als letzter des Grafengeschlechts Cirksena 1744 kinderlos stirbt, fällt Ostfriesland im Erbgang an Preußen. Der preußische König Friedrich II. entscheidet, kein Geld in die Sanierung maroder Burgen in Ostfriesland zu stecken. Die heruntergekommene Burg Stickhausen wird geschleift. Übrig bleiben nur der Turm und ein Teil des Torhauses. Stickhausen aber bleibt Amtssitz.
Auf dem Wiener Kongress, bei dem die Großmächte nach dem Sieg über Napoleon Europa neu verteilen, gibt Preußen die Grafschaft Ostfriesland an das Königreich Hannover ab. Die hannoversche Staatsverwaltung lässt 1820 neben dem alten Torhaus ein Gebäude für die Verwaltung und später eine Erweiterung anbauen.
Im Deutsch-deutschen Krieg schließt sich das Königreich Hannover der Koalition gegen Preußen an. Preußen gewinnt den Krieg und annektiert das Königreich Hannover. Ostfriesland wird Teil der preußischen Provinz Hannover.
1885 wird die Verwaltung in der preußischen Provinz Hannover reorganisiert. Alle Ämter, auch das Amt Stickhausen, werden aufgelöst und durch neu geschaffenen Landkreise ersetzt. Auch das Amtsgericht verlässt Stickhausen und folgt der Verwaltung nach Leer. Damit verliert Stickhausen seine Jahrhunderte lange Bedeutung als Verwaltungssitz.
Der Bezirksregierung Aurich findet nach längerer Suche in der evangelischen Kirche einen Käufer für das leerstehende Amtshaus. Pläne, die Burg als Fort- und Ausbildungsstätte für Pastoren zu nutzen, zerschlagen sich aber. Die Kirche verkauft die Burg schließlich in private Hand.
Die Burg wird bei dem Kämpfen am Kriegsende nur leicht beschädigt. Sie dient danach als Notunterkunft für Flüchtlinge vor allem aus Schlesien.
Die Samtgemeinde Jümme kauft die Burg Stickhausen und lässt sie für rund 260.000 Euro sanieren.